Hi Madeleine,<br>    thanks a lot for explaining the format. I downloaded some GFF files, unfortunately<br>out of four I tried, only PGP1 has "INDEL" I am mostly interested in in PGP10,11,12 <br>could you point me to the complete data for these three please ? <br>
   best regards<br><br>-Leon<br><br><br><div class="gmail_quote">On Wed, Dec 22, 2010 at 2:55 PM, Madeleine Price Ball <span dir="ltr"><<a href="mailto:meprice@gmail.com">meprice@gmail.com</a>></span> wrote:<br><blockquote class="gmail_quote" style="margin: 0pt 0pt 0pt 0.8ex; border-left: 1px solid rgb(204, 204, 204); padding-left: 1ex;">
Sorry, it's been changing as we update the genome analysis methods.<br>
<br>
If you click on any of the PGP genomes that say "with indel and<br>
coverage" it should have indel and coverage information in the<br>
downloadable gff data. For example:<br>
<br>
<a href="http://evidence.personalgenomes.org/genomes.php?display_genome_id=65711e3d6829f08c2f8aeeaf06b67b4d2c744e38" target="_blank">http://evidence.personalgenomes.org/genomes.php?display_genome_id=65711e3d6829f08c2f8aeeaf06b67b4d2c744e38</a><br>

<br>
If you click on "Source data: download GFF (115 MB)" you'll get a file<br>
called "PGP1_\(George_Church\)_with_indel_and_coverage.gff" but ...<br>
it's actually gzipped. Sorry. You'll probably want to do:<br>
<br>
mv PGP1_\(George_Church\)_with_indel_and_coverage.gff<br>
PGP1_\(George_Church\)_with_indel_and_coverage.gff.gz<br>
<br>
FWIW - there's a fix for this bug here, maybe Tom can pull it to the main site:<br>
<a href="https://github.com/madprime/get-evidence/commit/129e510318bd5381d86cd6ab1e9aca5976bd1c46" target="_blank">https://github.com/madprime/get-evidence/commit/129e510318bd5381d86cd6ab1e9aca5976bd1c46</a><br>
<br>
I've made a write up for how indels and coverage are marked here:<br>
<a href="http://evidence.personalgenomes.org/guide_upload_and_source_file_formats" target="_blank">http://evidence.personalgenomes.org/guide_upload_and_source_file_formats</a><br>
<div><div></div><div class="h5"><br>
On Tue, Dec 21, 2010 at 8:43 AM, Leon Peshkin <<a href="mailto:peshkin@gmail.com">peshkin@gmail.com</a>> wrote:<br>
> Hello!<br>
><br>
> Could someone help me with a pointer to PGP-10 raw data files, that is more<br>
> than list of SNPs.<br>
> I am interested to get a pretty short (few thousand nucleotide) chunks to<br>
> compare across individuals,<br>
> but it might contain deletetions in some.<br>
>  Sasha mentioned that data is available from<br>
> <a href="http://evidence.personalgenomes.org/genomes" target="_blank">http://evidence.personalgenomes.org/genomes</a><br>
> but I do not see any mention of "coverage and indels" at the page.<br>
> There is a link to <a href="http://evidence.personalgenomes.org/download" target="_blank">http://evidence.personalgenomes.org/download</a><br>
>  which is linked to the SQL dump and flat tsv file, but not BAM or SAM, so I<br>
> am somewhat confused.<br>
><br>
> -Leon<br>
><br>
><br>
</div></div>> _______________________________________________<br>
> GET-dev mailing list<br>
> <a href="mailto:GET-dev@lists.freelogy.org">GET-dev@lists.freelogy.org</a><br>
> <a href="http://lists.freelogy.org/mailman/listinfo/get-dev" target="_blank">http://lists.freelogy.org/mailman/listinfo/get-dev</a><br>
><br>
><br>
</blockquote></div><br>