Autoscores for all of the Counsyl variants are attached.<br><br>There were a few lines that look like they were corrupted by some translation process (I ignored them):<br><br>",nsSNP8S<br>",nsSNP58Q<br>",nsSNP52W<br>
<br>Distribution of autoscores for counsyl variants:  (select autoscore,count(variant_id) from counsyl_autoscore group by autoscore)<br><br><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">+-----------+-------------------+<br>
| autoscore | count(variant_id) |<br>+-----------+-------------------+<br>| 0         |                33 | <br>| 1         |                 4 | <br>| 2         |               119 | <br>| 3         |                 4 | <br>
| 4         |               129 | <br>+-----------+-------------------+<br></font><br><div>Distribution of autoscores for all variants:  (cut -f40 latest-flat.tsv | tail -n +2 | sort -n | uniq -c)</div><div><br></div><div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">  62304 0</font></div><div><span class="Apple-style-span" style="font-family: 'courier new', monospace; ">   3993 1</span></div><div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">  10473 2</font></div>
<div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">   1512 3</font></div><div><font class="Apple-style-span" face="'courier new', monospace">   3378 4</font></div></div><div><br></div><div>
Presumably *some* variants should be getting scores >4 -- I'll have to look at this tomorrow (examples welcome).</div><div><br></div><div>The "in genetests?" contribution to the above autoscores is based on whether the gene is *listed* in genetests, not whether its record indicates "test available"... contrary to what I told Madeleine today.  I've fixed that just now, and the scores are being recalculated.  (64 of the 836 genes in genetests are "no test available")</div>
<div><br></div><div>Tom</div><div><br></div>